non ho ancora avuto tempo di provare, ma sul menù per installarla sulla chiavetta, ci sono tre opzioni (non ricordo i termini esatti perchè non ho avviato con knoppix), mi pare:

1) installa sulla partizione esistente;
2) installa in partizione VFAT
3) non creare partizione (o qualcosa di simile

Io interpreto che 1) installa nella partizione che trova (ecco perchè pensavo ad ext3 ...) (quindi sda1)
2) crea ed installa nella partizione vfat (sda1)
3) non crea partizione (sda ?)

Credo comunque che non resti che provare ...