Attenzione,
in questo caso ti serve un "confirm box" di javascript e non un "alert".

Sono entrambi metodi dell'oggetto "window ", la differenza tra i due è che il primo aggiunge il bottone "annulla" (cancel).

Il codice dovrebbe essere qualcosa di questo tipo:

<script>
if (confirm("Vuoi continuare?"))
{
.. qui ci metti il codice per continuare la procedura
}else{
.. qui ci metti il codice per l'utente che annulla la procedura
};
</script>