Attenzione che una JWindow è un contenitore un po' particolare... nel senso che è proprio il minimo indispensabile per mostrare qualcosa a video. Non ha "maniglie" a cui appiccicare eventi "banali", come la chiusura. Se non vuoi ottenere effetti particolari, tipo splash screen o simili, ti consiglio di utilizzare JFrame che è il diretto discendente di JWindow ed implementa di suo alcune cose che semplificano la vita.