Il pulsante di VB6 ("Make exe file...") serve per compilare il codice del programma, operazione che con C++ avviene ad ogni esecuzione: infatti VB6 viene interpretato quando lo esegui all'interno dell'IDE, mentre il C++ viene sempre compilato e, dopo la compilazione, il debugger lo avvia e ci si collega per poterne effettuare il debugging. Considerato che le applicazioni Win32 create con C++ richiedono pochissime runtime molto probabilmente il problema risiede o a livello di codice (del tipo che hai incorporato nel codice percorsi specifici del tuo PC o similari) oppure a livello di framework utilizzati (per caso hai utilizzato ATL/MFC/.NET Framework?), che richiedono dependencies aggiuntive. Credo che comunque potremmo darti un aiuto maggiore se tu postassi gli eventuali framework utilizzati, il sistema operativo della macchina su cui il programma non va, il messaggio di errore che viene fuori.
P.S.: ah, di solito si dà in giro la versione Release, non quella Debug.