La cartella principale normalmente è dove inserisci l'index, questa cartella normalmente è bloccata dall'esterno in lettura(per questo avevi l'errore di forbidden), se invece crei una nuova cartella se non la blocchi in lettura il contenuto sarà visualizzabile come una normale cartella del tuo pc.

I file li puoi mettere dove vuoi, ma normalmente si tende a separare in + cartelle il contenuto grafico, le immagini, i file html, gli script etc etc per avere una struttura + ordinata possibile.

Es:

index.hml
Cartella immagini
Cartella elementi grafici
Cartella lingua italiana
Cartella lingua inglese

etc etc.

Non so quale tipo di sito tu abbia in mente, ma cmq ti consiglio di partire già con una struttura il piu'ordinata possibile, sul bloccare o meno l'accesso alle cartelle dipende da te.