non mi sono mai imbattuto in un problema di questo tipo, ma comunque: hai provato a creare una tua classe che ha come proprieta' un Vector[] e a serializzare quella?
una cosa tipo:
codice:
public class Pippo implements Serializable {
    private static final long serialVersionUID = 7526472295622776147L;
    
    private Vector[] array;

    public Vector[] getArray() {
        return this.array;
    }

    public void setArray(Vector[] array) {
        this.array = array;
    }
}
istanzi un oggetto della classe Pippo, setti il tuo Vector[] come proprieta' dell'oggetto appena istanziato (con setArray()), salvi nel db, recuperi dal db e provi a tirare fuori il tuo Vector[] con il metodo getArray().

Tanto per vedere se il problema si risolve oppure bisogna pensare ad altre questioni...