io ho sempre usato eclipse e, per quanto possa contare la mia esperienza personale, mi sono trovato benissimo.
Purtroppo non ho avuto modo di provare altri IDE a parte una brevissima parentesi con IntelliJ idea, quindi non conosco netbeans e difficilmente saprei elencarti pregi e difetti.
Senz'altro per eclipse esiste una quantita' maggiore di plugin installabili per gestire al meglio tutti i vari aspetti della programmazione. Ti sto parlando solo di quantita', in quanto non posso paragonare, non avendo esperienza in merito, la qualita' dei singoli plugin di eclipse con quella dei plugin di netbeans.