bisogna subito fare una distinzione, perchè ci sono almeno 4 situazioni diverse.

1) La scheda madre ha il supporto per l'avvio da HD-USB (vedere nel bios)

1a) Installare linux nell'HD usb contenete una o più partizioni supportate da linux (non vfat, ntfs) (installazione tradizionale) mettendo il bootloader nell'MBR dell'HD USB (non ho mai provato, ma dovrebbe funzionare su tutti i pc che possono fare il boot da HD USB).

2a) installato su HD-USB (in una partizione o nella "radice") come "live" cioè file di una distro "live" copiati sull'HD ed avviati tramite un bootloader installato nell'MBR dell'HD-USB (come avviene installando knoppis su chiavetta USB con il comando mkbootdev - funziona anche su chiavette formattae vfat (fat32)).

2) La scheda madre non ha il supporto per l'avvio da HD-USB (vedere nel bios)

2a) come 1a) ma più sistemi linux su partizioni diverse dello stesso disco o di dischi diversi e bootloader principale nell'MBR del primo disco (es. /dev/hda1; /dev/hda5; /dev/hda6; /dev/hdb1; /dev/sda1 ognuno col suo bootloader nella sua partizione, avviato dal bootloader principale messo nell'MBR di /dev/hda). In questo caso funziona solo se l'HD USB viene collegato ad un PC con installato un bootlloader nell'MBR del primo disco configurato per avviare la distro sull'HD USB (es. in un ufficio in cui si hanno più PC sui quali è necessario di volta in volta avviare la ditro sul disco usb).

2b) come 1a) - 2a) ma avviando con un CD di avvio od un floppy appositamente preparato (nel caso della knoppix usare il "suo" CD live - utile ad es. per avere il cd libero su PC con un solo lettore CD).

Ci possono essere altri casi, ma ovviamente la scelta dipende dalle esigenze a dal tipo di distribuzione da installare