Ciao, ho avuto anche io un problema simile, io ho risolto inserendo all'interno delle voci del file FLASH due modifiche

1) Aggiungta la seguente riga

<param name="wmode" value="transparent" />

2) Ho inserito all'interno del campo

<embed src="tuofile.swf" .......>

il valore wmode="transparent"

quindi ti dovrebbe apparire cosi'ora :

<embed src="tuofile.swf" wmode="transparent" ..... >

Spero che con queste 2 correzioni il file SWF ti vada dietro il menu
se non funziona dimmelo che provo un'altra strada