Linux può leggere senza problemi le partizioni NTFS, piuttosto non le può scrivere (o almeno, non si garantiscono risultati impeccabili).
Se i files Fat non sono poi così stabili ed a volte possono causar problemi perchè Linux li usa?
Linux non usa FAT nativamente, la supporta perché è un file system molto diffuso e piuttosto semplice (nativamente le versioni recenti di Linux usano ext2, ext3 o ReiserFS).