E' bene avere un unica versione del sito (con o senza www è indifferente, l'importante è sceglierne una). Lasciare che vengano indicizzate due versioni è sconsigliabile: potrebbero esserci penalizzazioni per contenuto duplicato.

Sarebbe bene riuscire a risolvere la cosa via dns, oppure al limite con redirezioni lato server, facendo in modo che sempre un'unica versione sia visibile.

Google, tramite i suoi Webmaster Tools permette di scegliere quale delle due versioni indicizzare, cosa che dopo un po' di tempo porta effettivamente alla scomparsa di una delle due versioni in favore dell'altra.