I metodi te li ho detti:

1 o fai in modo che collegandoti a quello che non vuoi vieni ridirezionato all'altro (o tramite dns o tramite 301 lato server... non certo javascript)

2 oppure (per google) ti logghi nel pannello webmaster tools, clicchi sul sito in questione, e dalla sezione "diagnostic" scegli "preferred domain", e da lì operi la scelta; per google funziona.

spero di esserti stato utile.