prova ad ordinare l'array "totale" con arsort e poi estrai solo le prime tre...

es:
codice:
/*
$parole = array di parole
$totale = array numero ricorrenze
*/

arsort($totale);
reset($totale);

$num = 1;

foreach($totale as $key => $value) {
     
     if($num <= 3 ) {

     echo $parole[$key]. "
";
     
     $num++;
     }
}
dovrebbe funzionare ....