Il fatto è che le finestre console se avviate da un'applicazione Windows spariscono subito dopo l'esecuzione per loro natura; siccome solitamente sono pensate per essere eseguite direttamente da una console questo è perfettamente normale (immagina che noia se tutti i programmi console dopo essere terminati richiedessero di premere Invio!).
In ogni caso ti consiglio caldamente i libri di Balena.