scusa, avevo capito male...
cmq per far funzionare quello script ti basta mettere il codice che hai postato nell'head del tuo file index.html e poi metti nel body, dove vuoi che appaia l'orologio:
codice:
<div id="countdowncontainer"></div>

<script type="text/javascript">

var futuredate=new cdtime("countdowncontainer", "March 23, 2009 18:25:00")
futuredate.displaycountdown("days", formatresults);

</script>
e imposti la data di scadenza del timer.