Il fatto che pyGTK sia un wrap non vedo perchè dovrebbe incidere sulla portabilità.
Per il resto mai usato ma direi che problemi non dovresti averne al 90%.
Un programma simile al tuo (nel senso della traybar) lo scrissi tempo fa con wxPython e sia su Win che su Linux non ebbi problemi.
Ad ogni modo la soluzione per diradare i tuoi dubbi è semplice: prova il programma su entrambi i sistemi. =)