Gli iframe sono supportati solo dalle DTD HTML e dalla DTD XHTML 1.0 Transitional e sarebbero da evitare come la peste (puoi simularli coi CSS, ma in questo caso l'iframe simulato non contiene una pagina indipendente ma è parte del codice della pagina principale). La cosa migliore sarebbe costruire le pagine lato server (con PHP, ASP o JSP ed es.). In questo modo mantieni il tutto accessibile, crei pagine senza eventuali scrollbar all'interno e non hai problemi con l'indirizzamento dei link del menu (dovresti usare JavaScript o l'attributo target per fare aprire le pagine nell'iframe).
Se il servizio di hosting su cui hai il sito lo supporta, ti consiglio vivamente di utilizzare PHP.
Tanto più che imparare un linguaggio lato server come PHP non è difficile e ti permette di arricchire il sito di funzionalità. Si tratta in pratica di "cambiare modo di pensare" nella realizzazione delle pagine, ma che ti garantisce notevoli vantaggi.