Con mysql 5 puoi ottenere lo spazio direttamente tramite una query sull'information schema.

Con mysql 4 con una query non so se sia possibile.
Dovresti fare

show table status from tuo_db

e sommare i valori delle colonne Data_length e Index_length.
Potresti farti un semplice script in php che ti somma i valori di quelle due colonne.