Conosco bene solo netbeans, eclipse l'ho provato solo di sfuggita.
Sono sicuramente due ottimi ambienti di sviluppo, supportati da un altrettanto ottima comunità di sviluppatori e utenti, dunque entrambi affidabili.
A suo tempo ricordo che scelsi netbeans per matisse: il plugin di disegno delle interfacce grafiche. Con la versione 5.5 hanno corretto molti bug e dopo un po' di pratica si ottengono ottimi risultati.

Qualche utente eclipse sa dire se adesso c'è qualcosa di simile anche per questo IDE?