Prova a cambiare il nome del secondo array giocatore, cosi :

echo "<form action='pippo.php' method='$formMethod' name='form'>";

$giocatore1 = mysql_query("select giocatore from $mySQLgiocatori where ruolo = 'difensore' AND squadra = 'AAA'");
echo "<tr><td align='center'><select class='piccolo' name='giocatore1' id='giocatore1' onChange='checkGiocatore1(this,this.form)'>";

while (list($giocatore)= mysql_fetch_array($giocatore1))
{
echo "<option value='$giocatore'>$giocatore</option>";
}
echo "</select></td></tr>";
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
$giocatore2 = mysql_query("select giocatore from $mySQLgiocatori where ruolo = 'difensore' AND squadra = 'AAA' AND giocatore !='$giocatore' ");

echo "<tr><td align='center'><select class='piccolo' disabled name='giocatore2'>";
while (list($giocatorex)= mysql_fetch_array($giocatore2))
{
echo "<option value='$giocatorex'>$giocatore1</option>";
}
echo "</select></td></tr>";