sì, esatto. Fai una cosa del genere
unincludeunico.php
codice:
<?php
  $init = time();
  include("fileunico.php");
  /* resto dello script
  *
  *
  ...................*/
  echo(time()-$init);
?>
moltiinclude.php
codice:
<?php
  $init = time();
  include("file_1.php");
  include("file_2.php");
  ...
  include("file_n.php");
  /* resto dello script
  *
  *
  ...................*/
  echo(time()-$init);
?>
e vedi che ti esce. Chiaramente ha senso se le pagine su cui fai i test contengono lo stesso codice, includes a parte.