E' una mia opinione, secondo me il 90 % dei browser hai il javascript abilitato e con i motori non capisco come possa influire.
Si, credo anche qualcosa in più del 90 %. Ma se con il php si arriva al 100% dei browser con lo stesso sforzo forse è più conveniente.

Per quanto riguarda il "rapporto" tra javascript e i motori di ricerca, potendo fare la stesa cosa lato server non rischierei:

http://forum.html.it/forum/showthrea...ght=javascript
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http://webdesign.html.it/guide/lezio...-delle-pagine/