se lo scandisk viene ripetuto ad ogni avvio è sintomo che c'è qualcosa che non va, magari il file system è stato compromesso in qualche modo.

onestamente non so se è possibile disabilitare il controllo, lascio la palla a chi è più esperto di me con il SO in questione, di certo forse non è la cosa più salutare che esista lasciare le cose come stanno, potresti anche prendere in esame la possibilità di riformattare l'unità visto e considerato che i dati al suo interno sono stati già oggetto di backup