Se non vuoi controllare l estensione puoi usare il MIME type (qui ce un elenco http://www.utoronto.ca/webdocs/HTMLd.../mimetype.html), con $_FILES['nomefile']['type'], ma anche questo modo non sempre da risultati certi.

Un modo + sicuro è aprire il file con fopen() e controllarne i byte di intestazione, essendo ogni tipo di file strutturato in modo diverso dovresti crearti una funzione ad hoc, non so esista gia' qualcosa del genere pronto..