La CheckedListbox ha una proprietà "CheckedIndices" che contiene tutti gli indici degli
elementi selezionati.
Prova questo codice :

codice:
// La proprietà "CheckedIndices" che contiene tutti gli indici degli 
// elementi selezionati. 
foreach(int indexChecked in checkedListBox1.CheckedIndices) {
    MessageBox.Show("Indice #: " + indexChecked.ToString() + ", è checked.");
}

// Per recuperare il valore degli items selezionati 
foreach(object itemChecked in checkedListBox1.CheckedItems) {
    MessageBox.Show("L' Item : " + itemChecked.ToString() + ", è checked.");
}