E' sempre la solita storia: le applet non possono accedere a niente che non sia sotto il loro livello di accesso... ossia, nella cartella sul server dove sono contenute e nelle eventuali sottocartelle, lì possono mettere le mani, da altre parti no.
Si risolve firmando l'applet, ossia dotandola di un certificato digitale (che l'utente deve approvare) che potenzialmente le permetta di accedere a risorse diverse da quelle citate più sopra, inclusi HD, porte seriali e quant'altro. Cerca sul forum e sul sito della sun.