Basta aggiungere il percorso completo a ciascun jar nel classpath della macchina dove gira l'applicazione e il compilatore e la JVM troveranno tutte le classi necessarie anche senza scompattare i vari jar.

Per percorso completo intendo dire che dovrai avere
codice:
CLASSPATH = .;....;percorso/al/connettore/mysql/pacchetto.jar;percorso/al/connettore/oracle/pacchetto.jar;etc etc etc