su TomCat c'è una cartella apposita dove andare a schiaffare tutti i jar necessari senza troppi sbattimenti. Credo che poi dovrai andare ad aggiungere qualche dettaglio nel web.xml, per cui il problema non si pone.

EDIT: per l'esattezza, la cartella è WEB-INF/lilb
Tomcat aggiunge automaticamente /WEB-INF/lib/*.jar al suo CLASSPATH