tu non istanzi una classe con i webservices, ma dai la possibilità di usare un metodo della classe, i cui parametri ti vengono passati tramite un preciso messaggio xml.

Secondo me l'unica strada che puoi seguire è quella di usare un offuscatore di codice, ma non credo che del codice offuscato possa essere interpretato direttamente da php, forse usando dei tools tipo zend studio o roba simile è sicuro, prova informati.