bene ti sei risposto da solo
le due con i numeri (cioè la 2 e la 3 ) sono quelle correte e, ancora, la 3 è la più ragionevole..
Per recuperare l'id ci sono un paio di funzioni mysql.. O prima inserisci i files nel db e poi recuperi l'id tramite la funzione mysql_insert_id() - e quindi cambi il nome del file - oppure prima recuperi l'id (al momento non mi viene in mente il nome della funzione, cerca nel manuale "next autoincrement" o qualcosa del genere se proprio ti interessa), poi rinomini il file, poi inserisci il record nel db...
Ma ti consiglio ancora una volta la prima, più veloce, meno codice, una sola query!
Ciauz