certo, hai ragione...

fatti una mappa con come chiavi le "stringhe trovate" e come valori le "stringhe trovate modificate".
ex: chiave: "[img]ciao.jpg[/img]" ; valore: [img]ciao.jpg[/img]
i valori ovviamente li produci usando replaceAll.

poi cicli le entry della mappa e per ogni entry usi di nuovo replaceAll(chiave, valore) sulla stringona che contiene tutto il tuo file html.