La funzione output di fpdf permette di restituire come stringa il file pdf generato.

http://www.fpdf.org/it/doc/output.htm

Quindi e' possibile codificarlo nella maniera corretta ed inviarlo come allegato senza salvarlo.
Ora devi solo vedere se la classe che usi per le mail ti permette di usare il file in questo formato.... se non te lo permette, o ne cerchi un'altra oppure ti costruisci tu uno script che invia le mail.

Con il materiale che c'e' a disposizione su questo forum non avrai difficolta' anche se dovessi ricadere nel secondo caso.