Allora ricapitoliamo... tu non hai un CGI che richiama uno script bash che richiama un programma in C.
Tu hai un CGI scritto in linguaggio della shell (bash) che aziona un programma in C.

Questo spiega perchè non funziona "system" che è una funzione Perl e non bash.

A parte ciò, il CGI che tratta la tty a(al link che hai postato) è scritto in C direttamente, quindi deve essre azionato da browser direttamente e non tramite un altro script.