prova in questo modo
innanzitutto apri una sessione per ogni utente
poi siccome solitamente per leggere il thread l'utente deve cliccare su link di quel thread,
fai in modo di passare al link un codice tipo

<a href=thread.php?cod=1>

nella pagina del link
verifichi se $_GET['cod'] è stato passato allora vuoldire che l'utente ha letto quel messaggio in caso contrario l'utente non ha letto il messaggio
memorizzi il codice in un array
poi alla fine con array_count() conti gli elementi dell'array

e fai comparire a seconda del calcolo la fatidica faccina