che io sappia ( e ti parlo per esperienza personale ) non c'è modo di cambiare lettera al disco ove è installato il sistema operativo, anche perchè dopo avrebbe seri problemi a funzionare.
Se vuoi essere sicuro che il disco con il S.O installato prenda la lettera C, basta staccare fisicamente tutti gli altri dischi, ed eventuali periferiche tipo Usb o lettori multipli di smart card, prima di far partire il disco per l'installazione.
Questo credo sia l'unico metodo che funziona al 100%.
In teoria potresti anche formattare gli altri dischi senza partizionarli, ma se ci hai messo sopra i dati è un pò da masochisti.