Non ho mai fatto un whois.
E lo ho anche usato raramente.
In pratica consiste in una query ad un database centrale, attraverso il Web.

Non vedo il motivo di farlo tramite Perl, quando i sistemi operativi gia` lo fanno, ma non dovrebbe neppure essere impossibile.
Ma se e` solo per avere il risultato in un programma Perl, ti conviene usare la chiamata al SO (`...` - backquotes o altri metodi).