sì, nel frattempo ho trovato una soluzione. adesso non ho sottomano lo script, perciò cerco di dirti a mente come funzionava:

usare transformToUri va bene, l'unico problema è che crea e memorizza davvero la pagina nella cartella specificata, il che potrebbe non esere il massimo in termini di impiego delle risorse, ma non ho trovato di meglio.
Per indirizzare il browser alla pagina creata basta aggiungere in fondo allo script

header('indirizzodellapaginacreata.html')

naturalmente se lo fai con delle variabili viene meglio.

Per quanto riguarda invece passare delle variabili via url per indicare l'xml e l'xsl da usare basta scrivere url del tipo:
/mioscript.php?var1=mioxml&var2=mioxsl

poi nello script tramite $_GET recuperi queste variabili e le assegni al posto giusto.

Mi rendo conto che è tutto un po' vago ma a mente non riesco a fare di meglio, forse è sufficiente a darti l'ispirazione. Magari settimana prossima riesco a postare qualcosa di più preciso.

Buon lavoro!