Qualcuno mi smentisca se sto dicendo scemenze ma credo tu debba ricompilare apache dopo aver modificato dei define nei sorgenti, perchè gli identificativi di versione sono in un file header (vedi http://openskills.info/infobox.php?ID=555).
Se ti accontenti di nascondere solo la versione puoi sempre impostare nel file di configurazione di apache ServerTokens Prod. Questo stampa solo "apache" senza specificare la versione.
Personalmente ho trovato la guida che ti ho linkato non troppo aggiornata, nei sorgenti che ho preso io (2.0.58) cambiano leggernente i define, e li trovi in include/ap_release.h. Da lì puoi anche impostare il nome server ad Unknown