io solitamente faccio così.
prima del ciclo while metti per es.
Codice PHP:
 $i=0;

while(.....){
.... 
all'interno del ciclo while invece fai

Codice PHP:
if(is_int($i/2)){
$color "#f00";
}else{
$color"#0f0";
}

print 
"<tr style=\"background:$color\">.....</tr>"