purtroppo non sono un gran conoscitore di partition magic, anzi si può tranquillamente affermare che non lo conosco affatto se non per sentito dire, quindi da questo punto di vista non posso esserti di molto aiuto.

quello che mi preme però è capire da cosa nasca questa piccola partizione non desiderata, tanto per iniziare:

è una partizione o semplicemente spazio vuoto? perchè nel primo caso potrebbe essere dovuto a questo il fatto che non riesci a "modellare" la partizione di root (comunque in questo caso dovresti poterla cancellare questa micro partizione), nel caso in cui fosse del semplice spazio vuoto (ovvero non partizionato) è meno normale che ci siano questi problemi.

ti chiedo inoltre se fosse possibile avere uno screenshot per capirci qualcosa di più, sai non è semplicissimo interpretare appieno la questione rifacendosi al solo testo