correggi il css così:
codice:
#header {
	background-color:#363C41;
	margin:0;
	padding:0;
	height:auto;
	background-image:url(../images/header.jpg);
	background-position:top;
	background-repeat:repeat-x;
	
}
Praticamente hai impostato height:0 e quindi e come se il div fosse alto 0 px e va a sovrapporre l'altro...insomma devi cambiare "height:0" con "height:auto".


Ciao