Non so se ho capito bene il tuo problema, ma indubbiamente avresti bisogno di uno str_replace nella fase di immissione dei dati nel DB.
Ti consiglio di utilizzare la notazione XML-friendly:
Codice PHP:
$testo = str_replace("è", "è", $testo);
$testo = str_replace("é", "é", $testo);
$testo = str_replace("à", "à", $testo);
$testo = str_replace("\'", "'" $testo);
$testo = str_replace("\"", """ $testo);
// eccetera
Non so però se si possa fare una cosa del genere direttamente nel DB.
Ad ogni modo, potresti fare una procedura di estrapolazione dei record dal DB, di replace e di re-immissione.
Di sicuro non è il metodo più immediato, ma almeno sei sicuro di risolvere.