VS2005 può compilare solo codice per il .NET Framework 2, come VS.NET 2003 solo per l'1.1 e VS.NET 2002 per l'1.0. Tra l'altro poi mi pareva che il .NET Framework 3 altro non fosse che un'estensione al 2, con l'aggiunta di nuove classi organizzate in maniera differente, per cui forse devi aggiungerle tra i riferimenti...