Già...in quel caso non hai molte alternative...quindi ti conviene usare l'ISO-8859-1 e convertire i caratteri usando htmlentities($stringa,ENT_QUOTES), in modo che ti converta anche apici singoli e doppi. Puoi cmq usare htmlentities() solo in fase di lettura dei dati, mentre per l'inserimento puoi lasciarli così come sono (specie se poi devi visualizzarli in aree di testo di eventuali pagine amministrative che ti permettono di modificarli).
In realtà anche con l'ISO-8859-1 non sei obbligato a ricorrere alle entità HTML, tuttavia conviene usarle per garantirne la visualizzazione corretta anche in browser che usano codifiche differenti per default.