Avevi creato un RAID0, cioè il SO scriveva contemporaneamente sui due dischi dividendo le informazioni a metà. Eliminando il RAID hai di fatto perso tutto quello che avevi nei dischi.
Per quanto riguarda il problema precedente, quando hai installato il so secondo HD, sei poi andato in Pannello di controllo / Strumenti di amministrazione / Gestione computer / Gestione disco ed hai attivato il 200 gb partizionandolo, formattandolo, etc. ?