Ma cosa vuol dire "limitare il click"?

Se e` impedire all'utente di premere il tasto del mouse, chiaramente non e` possibile.
Se e` che quando l'utente clicca non viene portata la finestra in primo piano, la cosa e` di competenza del sistema operativo, e non puoi modificarlo.
Il click in una finestra del browser (fuori dai campi o dai link) non ha effetti diretti sul comportamento del browser (ma anche questo dipende dal sistema operativo e dal browser).


Tornando al rettangolo: puoi sovrapporre un'immagine alla pagina (immagine completamente trasparente con il solo rettangolo non trasparente), da inserire in un "livello" trasparente con posizione assoluta e z-index alto, pero` dopo perdi la possibilita` di agire (cliccare, pasare sopra, ...) nel livello inferiore.