hai ragione
di fatti poi ho scritto che dipende dal contesto
conto sul fatto che essendo prototype molto diffuso, nessuno si metterebbe a dichiarare una variabile o una funzione col nome $, perché quella di prototype verrebbe sovrascritta, o comunque farebbe confusione
a tutti gli effetti l'idea, passami il termine, di usare $ per indicare document.getElementById (in realtà fa qualcosa in più) l'hanno avuta quelli di prototype
non so jquery ma mootools usa prototype, credo una versione "lite"