si hai ragione
ubuntu ho visto che setta le variabili nel file

/etc/environment

cat /etc/environment ti dice cosa hai

correggi cosi PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games:/usr/netbean 5.5/bin"

poi se ha bisogno di librerie particolari dovresti modificare anche /etc/ld.so.conf mettendo il percorso alle librerie /usr/netbean/lib