il fatto che ci siano i frame non ti cambia nulla, tranne che potresti avere qualche problema nel passaggio delle variabili (es. il GET).
Una pagina PHP viene eseguita dal server e poi è il tuo browser che la incasra nel frame...
Io in generale sono abbastanza contrario ai frame per una questione di usabilità del sito, ma questo non c'entra....

Ciao