onestamente non ho mai guardato i codici di nessun cms.

sicuramente ci sono svariati metodi per rendere disponibile la connessione a tutte le pagine a a ciascun "livello" dell'applicazione

attualmente sto lavorando con un mio framework completamente oop nel quale ciascuna pagina rappresenta un classe che estende un classe padre abstract che tra le proprietà ha proprio una connessione al db.
In questo modo da ciascuna funzione di ciascuna pagina ho ha disposizione $this->conn come risorsa di connessione al db..

sicuramente ci possono essere altre soluzioni alquanto valide